分子シミュレーション便利帳

単粒子解析（Single Particle Reconstruction） ソフトウェア

研究室（国内）

大阪大学蛋白質研究所附属プロテオミクス総合研究センター　

蛋白質情報科学研究系

プロテオーム物質創製研究系

SpiderとWebのインストール（Ubuntu14.04LTS）
- Hardware profile
  - Motherboard: Super Serverboard MBD-X7DAL-E+0(SuperMicro社製)
  - CPU: Quad-core 2.5GHz（Intel社製 Xeon E5420）
  - Momory: 3.0Gbyte
  - Graphicboard: Quadro FX1700（NVIDIA社製）
  - Monitor: Thinkvision 20”（IBM社製）
- Spiderのインストール
  1. http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.htmlよりダウンロードする。
  2. gunzip spiderweb.17.01.tar.gz
  3. tar -xvf spiderweb.17.01.tar
    またはダウンロードしたファイルをダブルクリックして、ホームフォルダーにコピーする。
  4. sudo gedit .bashrc
  5. #spider
    alias spider=/home/user1/spider/bin/spider_linux を追加する。
  6. Synapticパッケージ・マネージャーでfftw3-3を追加し、適用する。（必要ないのかもしれない）
- Webのインストール
  1. http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.htmlよりダウンロードする。
  2. gunzip spiderweb.17.01.tar.gz
  3. tar -xvf spiderweb.17.01.tar
    またはダウンロードしたファイルをダブルクリックして、ホームフォルダーにコピーする。
  4. sudo gedit .bashrc
  5. #web
    alias web=/home/user1/web/bin/web_linux_24 source /home/user1/web/web.bashrc を追加する。
  6. cd web
    sudo gedit web.bashrc
  7. export WEBDIR=/home/user1/web
    export PATH=${WEBDIR}/bin:${PATH}
    export LD_LIBRARY_PATH=${WEBDIR}/lib
    export PYTHONPATH=${WEBDIR}/lib
    export SPRGB_DIR=${WEBDIR}/rgb"
    export WEBMAN_DIR${WEBDIR}/docs"
    を追加する。
  8. Synapticパッケージ・マネージャーでkdebase-workspaceを追加し、適用する。（必要ないのかもしれない）
  9. sudo gedit .Xdefaults
  10. Web*applicationDepth: 24
    Web*visualClass: DirectColor
    Web_24*applicationDepth: 24
    Web_24*visualClass: DirectColor
    を書く。
  11. xrdb -load ~/.Xdefaults
Last update 2017/08/25