3章 　このステップでは最終の願わくば高解像度の構造を生成するために予備モデルを精製（refine）する。 　EMANの特徴を簡潔に述べると以前の説明では EMANの新しいバージョンでは１つの正規のrefineコマンド再構築の解像度を制限する新しいオプションが追加された。しかし、これはいい結果が得られた経験が少ない。これらのオプションについては章末で述べる。この後述べるrefineコマンドにはこのオプションは含まれていない。また、CPU字がんが非常にかかるようなら、これらのオプションを使って新しいrefinementサイクルを実行してみると良い。その際は４章にあるオプションを考慮すること。（refinementはが遅くなって早期段階で役に立たない。 1.refineの実行 　この時点でワーキングディレクトリーには２つのファイルのみが必要になる（start.hd/imgはひとつのファイルと考える）。必ずしも必要ではないがほかのものは取り除いたほうが良い。CTF曲線とのフィッティングの際（できれば行っておいてほしい）、1D structure factorを使用したなら、このディレクトリーにstructure factor fileも必要だ。start.hed/imgは（ctfitで前処理された）粒子画像のraw dataが含まれている。また、threed.0a.mrcは前のステップで初期3Dモデルが含まれている。refineコマンドはかなり複雑で‘くのオプションがある。今、はじめるのによくワークする基?“なrefineコマンドではじめよう。一般的にスクリーンウィンドウで実行するかまたはnohupと＆でバックグランドジョブで実行するのが良い。コマンドヒストリーを見てEMANの実行過程をモニターすることは良いことだ。refineは他のEMANのプログラムよりもはるかに多くの回数実行する事になるだろう（スクリプトのように）。ここのプログラムはプログラムの履歴で確認できる。１つのrefinementの繰り返しのあとでproc3dコマンドを行っている。並列計算用のlinuxサーバーか複数のワークステーションを持っているなら、EMANマニュアルを読んでセットアップしてほしい。 次がrefineコマンドである。 Refine 8 ang=6.1 mask=46 pad=80 hard=25 classkeep=.8 classiter=8 sym=C1 ctfc=18.0 mask値は実際の最大半径をにせよ。以前のバージョンでは-1がbox sizeの1/2を示していたが、このバージョンでは実際の半径を意味する。この値は明らかに小さすぎるよりも大きすぎるほうが良い。 パラメーターのすべての情報はrefine documentationを参照せよ。以下に注意すべきオプションについて説明する。 ・refineのオプションはclassificationの際の2D alignmentの正確さを増すことができる。最終段階の高解像度refinementの時、実質の影響が出て、場合によってはmiss classificationの校正問題が起こる。時間がかかることになるが、助けになることが多い。 ・phasecls,fscls,dfiltはclassificationとparticle planningの際、相同性”較のアルゴリズムを制御する。これは重?だ。このオプションはデフォルトのルーチンでは設’されていないので?子画‘と結果できあがった3D modelとの解像度のミスマッチに敏感に反応する。これは粒子classificationの決定的なミスを引き起こす。これを回避するためにこれら３つのオプションを使用することを強くお勧めする（１回の計算に１つでも良い）。Dfiltはベストな全体の結果を得られるが、ctfcw=でしか使うことができない。phaseclsとfsclsはいつでも使うことができる。phaselsは基準としての正味のphase errorを使用し、正味のフーリエamplitudeは無視される。Fsclsはfourier ring correlationを基準として使用され、豊富な情報を広範囲に持っている。Fsclsの理論は基本的にfaseclsや　　　よりもよく理解しておくべきだ。 ・ctfcwはctfcよりよく使用されるがstructure factor fileが必要だ。強く推奨する。FAQを参照のこと。 ・seltsf=,[]は1D structure factor fileを精製後、3D modelに課することができる。最終の最適化構造を得るにはこのオプションが役に立つ。これはctfcw=と連結してしか使用できない。EMANのCTF補正のルーチンは非常に良いのでそれがどれくらいよく実行されたかに制限される。このオプションは基本的に1D structure factorが正確かを判断するために3D modelにperfectな1D filterを行う。Solution scattering resultよりも見積もりのstructure factorを使っているなら、このオプションは良いかどうかわからないが、モデルにそれを当てはめる前にstructure factorに当てはめたlow-pass filterの解像度を特定する。これは最終の収束解像度に設定するべきだ。オプションでgaussian high-passフィルターを使用しても良い。このオプションはEMANがctfcw=で当てはめたWiener filterと自動的に置き換わる。このオプションが再呼応地区の非常に早い段階で使われる場合、または再構築の解像度が等方性がない場合には重要なアーティファクトを誘発する。 ・sep=2オプションは２つのbest matching classに??するだろう。これは?子??の?確’性を?うのに??つだろう。データの1/2近くがアライメント/?均化で失われるので?‘を引き起こさない。これが受け“れられないなら、sep=2を削除して、classkeepを〜１に増加させる。 ・tree=2またはtree=3オプションはclassficationを速く実行するのに役立つ。詳細はrefineのメインページの参照せよ。一般的にはang=がかなり小さいときだけ使用される。 ・3ditと3dit2オプションは軽視されているし、使わないほうが良い。 ・refineに続く数字はいくつのrefine iterationが実行されるかを意味する。それぞれのiteratinでclasses.n.hed/imgとthreed.n.mrcとthreed.na.mrcとたまにx.n.mrcファイルが生成される（　　　　　）。

Last update 08/10/07