タンパク質の構造データはX線結晶回折またはNMR(核磁気共鳴)によって得られ、 一般にPDBデータと呼ばれている。PDBはProtein Data Bankの略で、 1971年にBrookhaven National Laboratoryで設立され、 現在はプロテインデータバンクで運営されている。 日本ではゲノムネットで ミラーされている。
 PDBファイルはテキスト編集ソフトで開けてみると4文字の英数字のエントリー名、性質、 参照ジャーナル、アミノ酸一次配列、二次構造情報、各原子の位置情報を(この順序で)記してある。
PDB書式


構造データの入手
例(ゲノムネットの場合)

genomenet

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検索語を入力し、「Go」ボタンを押す。

genomenet
赤い矢印の部分(ID)クリックすると詳細が表示されるのでこの操作を繰り返して目的のものを見つける。

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「Entire PDB File」をクリックする。
PDBファイルの全内容が表示されるのでテキスト形式で保存する。
注)PyMOLの場合、デスクトップを保存先に指定するのは不便。

Last update 2017/08/23