アミノ酸
生体のタンパク質を構成するアミノ酸はα-アミノ酸(他にβ、γ)で標記には1文字表記と3文字表記の2種類ある。
参照 Wiki
二次構造
α-ヘリックス
β-シート
ランダム

構造チェック

RAPPER http://mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper/

Skolnick lab http://cssb.biology.gatech.edu/skolnick/

Sali lab http://salilab.org/index.html




CHARMM http://www.charmm.org

AMBER http://ambermd.org/




TAP http://protein.cribi.unipd.it/tap/

FRST http://protein.cribi.unipd.it/frst/

ANOLEA http://protein.bio.puc.cl/cardex/servers/anolea/

SIFT http://sift.cchmc.org/

HARMONY http://caps.ncbs.res.in/harmony/



酵素結合部位

VOIDOO http://xray.bmc.uu.se/usf/voidoo.html

MolMovDB http://www.molmovdb.org/

Evolutionary Trace http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~jiye/evoltrace/evoltrace.html
3D templates CSA http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/

Rigor http://xray.bmc.uu.se/
Electrostatic potential APBS http://apbs.sourceforge.net/

DELPHI http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Software:DelPhi
Hydrogen bond Grid http://www.moldiscovery.com/soft_grid.php

MCSS http://accelrys.com/
Biological Unit PQS http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/pqs/

Pita http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pita/

PISA http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html

Last update 2018/09/04