2章 初期モデルの構築 　種々の対称性をもつgood modelを生成する特別なインストラクションがある。しかし、ここで推奨する技術はbad answerで始まり精製（refinement）・収束（converge）したモデルと、別の異なるbad answerで始め、精製・収束したモデルとを比較するものである。 ２，３の異なるstarting modelで同じ結果なら、“られたモデルはかなり信?できる。結果が異なるなら、さらに５〜10回試行を重ねれば、他のものより正しいものがみつかるであろう（高解像度、投影像、分別平均像とデータ間の照応）。Bad starting modelを得るにはこの章をとばして「makeinitialmodel.py」を実行すればよい。実際に?“?の‘称性を使って精製（refine）を行ったときわかるでだろう。 1.非対称性（またはC2対称）-　refine2d.pyとstartAnyを使用 　あなたがこの章を読んでいるのは非常に残念だ。非対称性粒子は精製（refine）するのが最も難しい粒子である。もちろん、必ず必要というわけではない。リボゾームのような粒子は標準のテクニックで労少なくして精製（refine）できる。しかし、α-crystallinのような粒子は筋の通ったひとつの（self-consistent）answerに精製（refine）されるのは不可”だ。一”“に?子が‘数の“?構‘をもつかまたは”球状形ならokだ。一般的に粒子が全く非対称性なら次の過程に進むとき気を付けなければならない。その場合、再生成したモデルをradial-randomizationするといった追加の試行が必要になるだろう。粒子が擬対称性または円筒形に近い形ならばあるC対称性を仮定したstarting modelを精製することを考えたほうが良い。 　非対称性starting modelでどうしてもやりたいなら最初にstep1で行った「refine2d.py」コマンドで“られた結果を使ったほうが?い。 iter.final.hedのclass average（分別平均）をマニュアルで検査する 　良さそうなclass averageをいくつか選んでgood.hedという名‘のファイルをつくる。 　v2_iter.final.hed を実行し、result viewでmiddle-clickしてスプリットモードにし、選択した粒子を新しいviewで表示する。新しいviewでmiddle-clickして、セーブする。選択したclassの数は粒子に依存している。一般的に7または8選択するべきである。もっと必要ならたくさんとっても良いが顕著にノイズの多いものや同じものの?製は”けたほうが?い。ここでgood.hedが準備できたので次を実行せよ。 　startAny_good.hed[sym=symetry] 粒子が対称性をもつ、または他の方法が受け入れられないのは上記で詳細を説明した。非対称性粒子の場合sym=は特定しない。 2.ステップ3へ これでstart.hed/imgとthreed.0a.mrcの2つのファイルが準備できたはずだ。これらは精製を実行するために必要なファイルだ。ステップ３へ

Last update 08/10/07