膜タンパク解析ソフト

• GPCR(G蛋白質共役型受容体)
  
• 膜貫通タンパク予測　TMpred
  
• 膜貫通タンパク予測　HMMTOP
  
• タンパク予測　BioInfoBank
  

膜たんぱく質は配列のホモロジーと構造との関係おいて特別な関係にあるため通常の配列の相動性とは別の概念が必要である。 ここでは複雑な解析を無視して、基本的なホモロジーモデルの作成の一例を以下に記す。 1.目的の配列を入手する。
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2.ホモロジーの高いpdbファイルを入手する。 Blast
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BlastPを選択する。 ↓
参照ファイルに先ほどダウンロードしたファイル「sequence.fasta」を選択する。
対象データベースにpdbを選択して下部のBlastボタンを押す。

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適したものを選択し、ダウンロードする。 選択の基準として、ホモロジーが低いが全体構造を予測したい場合、より大きな構造を選ぶようにするなどこの後は試行錯誤が必要になってくる。
3.ホモロジーモデルを予測する。
以下のサイトを使いモデルを計算する。
Swiss Modelはテンプレートとなる構造をサーチする機能がある。
Swiss Model
Modeller
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2020/01/16