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一回膜貫通タンパクの四量体構造を予測する。
手順
1. 配列からホモロジーモデルを作成する。(SWISS-MODEL)
図書館
2. ホモロジーモデルをチェックする。
3. 一回膜貫通モデルを貫通部位のN末端側とC末端側に分割する。(PyMOL)
4. N末端とC末端をドッキングシミュレーションする。(ZDOCK SERVER)
5. 上記ドッキングモデル2個をさらにドッキングシミュレーションする。(ZDOCK SERVER)
6. 2回ドッキングでできたモデルを手動で二量体にする。(Libreoffice)
7. エネルギー最小化計算を行う。(YASARA)
2021/02/12